工程居间协议在符合一定条件时，是合法的。依据《民法典》的规定，只要协议双方具备民事行为能力，并且协议内容真实合法，不违背公序良俗，同时不违反法律和行政法规的强制性规定，该协议便具有法律效力。如果协议存在违法情形，可能会导致其无效，并可能承担法律责任。
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确认工程居间协议的合法性需审查合同主体的资格和协议内容的合规性。应首先确认协议双方的签约资格，接着详细审查协议的每一条款是否符合法律和行政法规的规定。为确保万无一失，建议咨询专业律师进行法律风险评估。
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工程居间协议可以合法签订。具体操作包括：1. 确认协议双方的民事行为能力；2. 确保协议内容真实反映双方的意愿，不存在欺诈或胁迫等情形；3. 仔细审查协议内容是否违反法律法规，特别是注意是否违反强制性规定；4. 注意协议的形式是否符合法律规定，如采用书面形式并明确双方的权利和义务。