可以尝试补办手续，但需符合当前规划和政策。分析：2012年在农村自留地建厂房未办手续属于历史遗留问题。根据相关法律法规，若该厂房符合当前的土地利用总体规划和乡村建设规划，且不影响公共利益和安全，有可能通过补缴相关税费、罚款并办理合法手续来合法化。提醒：若厂房被认定为违章建筑且面临拆除，或已严重影响当地规划实施，表明问题比较严重，应及时寻求专业人士协助处理。
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具体操作：1.申请补办手续：向当地自然资源主管部门了解补办流程，准备相关材料（如土地权属证明、规划许可申请等），按程序提交申请并缴纳相关税费。2.接受行政处罚后补办：若需接受行政处罚，应积极配合调查，缴纳罚款，并在处罚执行完毕后按补办流程办理手续。3.拆除：若厂房严重影响当地规划或无法补办手续，应与当地政府协商拆除事宜，了解补偿政策，确保合法权益得到保障。在拆除过程中，应保留相关证据以备不时之需。
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处理方式：从法律角度看，处理方式主要包括申请补办手续、接受行政处罚后补办和拆除。选择建议：若厂房对当地规划影响较小且符合补办条件，可申请补办手续；若需缴纳罚款等行政处罚，应评估成本后决定是否补办；若厂房严重影响规划，则可能需考虑拆除。