强奸罪证据不充分时，应疑罪从无。依据《刑事诉讼法》，证据不足应不予起诉或驳回诉讼。若强行定罪，可能侵犯人权，造成冤假错案。
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强奸罪证据不足时，常见处理方式为补充侦查、不予起诉或驳回诉讼。应根据案件具体情况，选择合适方式处理，确保公正与人权。
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强奸罪证据不足，处理如下：1.公安机关可补充侦查，力求证据确凿；2.检察院审查后，若证据仍不足，应不予起诉；3.法院审理时，认为证据不足，应驳回诉讼，确保无罪释放。